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Dans l’exercice de sa mission, le CSE a développé un partenariat diversifié dans les domaines technique, scientifique et financier.

 le CSE a développé au niveau national un partenariat dynamique et diversifié avec différents acteurs tels que l’Etat du Sénégal et ses démembrements. A cet effet, le premier groupe de partenaires du CSE est constitué des services techniques nationaux (agriculture, élevage, eaux et forêts, pêche, statistiques, météorologie, etc.) avec qui le Centre a développé un cadre de travail et d’échange, à travers le Groupe de Travail Pluridisciplinaire (GTP). A cela s’ajoutent les projets et programmes (PASA, COMFISH, etc.). Aussi le CSE travaille avec les institutions de recherche (IRD, CIRAD, CORAF, etc.) basées à Dakar et participe activement à la formation au niveau des Universités sénégalaises.

Au niveau international, le CSE entretient un partenariat soutenu avec des institutions comme le Centre Régional pour l’Amélioration à l’Adaptation à la Sécheresse (CERAAS), le Centre Agro-hydro-météorologique (AGRHYMET), le Centre Africain pour les Applications de la Météorologie au Développement (ACMAD) et le Centre Régional Africain de Technologies (CRAT), l’Observatoire du Sahara et du Sahel (OSS), etc. Le CSE abrite la Mission d’Observation du Littoral Ouest Africain de l’Ouest (MOLOA) et participe au projet WASCAL.

En 2010 le CSE est accrédité comme entité nationale de mise en œuvre par le Fonds d’Adaptation, cela lui a valu un succès total qui entraînera plus tard en 2015 sa deuxième accréditation mais cette fois ci par le Fonds Vert Climat.

Le réseau de partenaires techniques du CSE s’étend également aux organisations internationales comme l’Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation et l’Agriculture (FAO), le Programme des Nations Unies pour l’Environnement (PNUE), l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN), aux universités et centres de recherche des pays du Nord (USA, Canada, France, Grande Bretagne, Allemagne, Danemark, Italie, Espagne, etc.).

Au plan financier, le CSE bénéficie du concours financier de nombreux partenaires dont l’Etat du Sénégal qui contribue actuellement pour environ 20 % du budget de fonctionnement du Centre. Le reste des ressources du CSE provient de contributions de partenaires clés comme le Centre de Recherche pour le Développement International (CRDI), l’Ambassade du Royaume des Pays-Bas, l’Union Européenne, l’Agence Nationale de la Recherche (France), la Banque Africaine de Développement, l’USAID, mais aussi d’activités de prestations de services.

Les interventions du CSE se sont étendues au-delà des frontières du Sénégal, couvrant de nombreux pays de la région : Bénin, Botswana, Burkina-Faso, Cameroun, Cap-Vert, Côte d’Ivoire, Gambie, Ghana, Guinée, Guinée-Bissau, Libéria, Mali, Maroc, Mauritanie, Namibie, Niger, Nigéria, Sierra Léone, République Centre-Africaine, Tchad et Togo.